【昊工具】TRRUST: 值得信赖的转录因子-靶基因调控数据库

发稿时间：2020-09-14来源：天昊生物

最近小编发现一个宝藏网站，如果您明年基金切入点是转录因子（TF），一定不要错过它：人/小鼠转录因子调控关系的数据库TRRUST（http://www.grnpedia.org/trrust/)

 ■ 可查询转录因子的下游靶基因
 ■ 可查询转录因子的转录因子
 ■ 可查询转录因子相关的疾病/通路
 ■ 可查询一个基因列表的关键调控转录因子
 ■ 原始数据均可下载，用于生信挖掘

A 查询一个目标转录因子（以BRCA1为例）

结果：

1 、转录因子的靶基因（可看到调控类型是抑制还是激活）

2、靶基因的功能网络图

3、调控BRCA1的转录因子

4、调控BRCA1的TF的蛋白互作图

5、其它和BRCA1同靶点的TF

6、BRCA1相关的疾病/kegg通路/GO通路

B 查询一个基因列表的关键调控TF(以ESR1敲除后的差异表达基因列表为例)

结果：提示ESR1为最可能的关键调控TF

C 数据下载

TF-靶基因调控数据库被广泛用于其它生信数据库开发，例如2018年发表的RNA-Seq数据挖掘工具（Ge SX, Son EW, Yao R. iDEP: an integrated web application for differential expression and pathway analysis of RNA-Seq data. BMC Bioinformatics. 2018 Dec 19;19(1):534. doi: 10.1186/s12859-018-2486-6. PMID: 30567491; PMCID: PMC6299935.），就调用了TRRUST数据库的原始数据。

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