如何使用Rstudio练习R基础教程

发稿时间：2020-06-15来源：天昊生物

昨天发表《R相关软件及R包安装》后，我们后台就收到了大量获取软件的回复，有很多初学者也下载了R相关软件，与此同时小编也收到部分客户练习heatmap的过程当中反应加载包和读取文件有报错的情况，相信其他人可能也会遇到这个问题。万事开头难，从入门到放弃，你也许只是没有趁手的工具而已（或者工具的使用熟练度不够）。本着扶上马，送一程的精神，小编以heatmap这篇文章为例，总结了一个使用Rstudio练习R的教程，拿走不谢。

一 获取源码和数据

1. 在天昊生物公众号回复heatmap，获取数据

代码和数据下载：链接：https://pan.baidu.com/s/1L2B_DDUUvfYzifjgxAb4fg提取码：mbk2
2. 下载数据

二使用Rstudio

1. 导入下载的r文件File -> Open File -> 点击文件【零基础学绘图】之绘制heatmap图（三）.r -> 点击open ,如下图所示

2. 确认下载文件的绝对路径如下图所示，文件下载到桌面，路径是C:UsersAdministratorDesktopheatmap

【零基础学绘图】之绘制heatmap图（三）.r ：R 脚本文件

Differential_Expression_Genes.txt ：基因表达量数据

gene_group.txt：基因分组信息

sample_group.txt：样品分组信息

3. 修改工作路径

代码不能运行成功，很大的可能是因为工作路径不对，这里我们在源代码前几行先确认一下工作路径，看是否需要修改。确认工作目录：输入getwd(), Ctrl + Enter 键运行该命令，发现工作目录是 "C:/Users/Administrator/Documents"，不是脚本所在目录；切换目录：输入setwd('C:/Users/Administrator/Desktop/heatmap'),切换成脚本所在目录；再次确认工作目录：输入getwd()，确认目录已经是脚本所在目录了。

这一步主要是确认后续使用read.table命令，能在当前读取到文件Differential_Expression_Genes.txt注意输入法全程要用英文。目录是 / ，而不是。示例中的 library(pheatmap) 如果出现报错，install.packages('pheatmap') 先安装该包
4. 依次运行代码

如下图所示，对剩余代码依次按键盘 Ctrl + Enter