【昊文章】天昊目的区域甲基化MethylTarget®检测技术文章大揭秘

发稿时间：2019-07-25来源：天昊生物

对于DNA目的区域甲基化水平的检测，目前市场上有各种技术平台，但是各个技术有各自的技术痛点，要么成本高（目的区域液相芯片捕获），要么不能准确定量研究（MSP/BSP），要么操作复杂（质谱）、要么检测片段短，无法获得甲基化单倍型（焦磷酸测序），而天昊生物的目的区域富集甲基化测序MethylTarget^R技术针对这些核心痛点，通过在技术策略及生信分析，不但创新性地解决了上述技术难题，还有更多应有优势：

•        性价比高：传统克隆测序一个片段10个克隆的价格，MethylTarget可以完成约60个片段的检测（检测深度为1000X，相当于1000个克隆）
•        精确度高：基于二代测序数据检测甲基化程度，精确到单碱基分辨率，与全基因组甲基化测序，RRBS数据，甲基化芯片数据有高度一致性
•         精确定量：测序深度高达1000X，并可以进一步加深，相比于传统克隆测序，可以对位点甲基化程度进行准确定量
•         技术灵活：基于多重PCR富集进行目标区域富集，可随时进行基因和位点的变化和改动，并且可以获得每个片段的甲基化单倍型 

MethylTarget^R自服务市场以来，其准确性和性价比优势快速获得了大量课题组的认可。优秀的技术平台结合课题组的专业研究思路，已经快速转化为一大波优质SCI文章，下面就为大家按领域分别介绍

1. 代谢疾病（大鼠模型）研究

Folate treatment of pregnant rat dams abolishes metabolic effects in female offspring induced by a paternal pre-conception unhealthy diet.

父方孕前不良饮食习惯对女性后代的代谢损伤影响可被雌性大鼠孕期叶酸治疗过程逆转
单位：湖南师范大学医学院李健老师课题组
时间：2018年5月18号
杂志：Diabetologia.
IF: 6.08

研究背景：

• 母亲孕前或孕期的生活方式可能对后代器官的功能或结构造成永久性的影响和改变；
• 近期研究发现，父亲在精子成熟期或孕前的营养情况也能对子代的器官功能造成永久性的影响；
• 对于父方营养对子代造成的表观遗传学改变的机制尚无深入研究；

科学问题：雄性大鼠的高脂，高糖，高盐饮食（模拟年轻男性的快餐饮食习惯）是否会引起子代的代谢表型变化？雌性大鼠孕期的叶酸治疗是不是能够逆转这种代谢表型变化？

 

研究方法：

• 大鼠组别设置：雄性大鼠的高脂-糖-盐饮食；雌性孕鼠的叶酸饲喂为2个主要组别设置因素

 

• 大鼠肝组织RNA测序；肝组织和胰腺组织目的基因RT-PCR
• 整体和MethylTarget®技术检测基因特异性DNA甲基化水平
• 代谢能力和其它指标检测

研究结果：

• 对于父方高脂-糖-盐饮食组，其雌性后代表现明显的葡萄糖耐受损伤，可能是肝组织一些关键代谢基因表达异常的外在体现；
• 对于父方高脂-糖-盐饮食组，其后代表现整体甲基化上升，但一些代谢核心基因的甲基化水平并无显著变化（可能因为样本量太小）；
• 雄性大鼠孕前不良饮食习惯对女性后代的代谢损伤影响可被雌性大鼠孕期叶酸治疗过程逆转

研究意义和结论：

•  该研究提示，母亲孕期服用叶酸，可能能够改善和治疗父方孕前快餐饮食习惯对子代造成的表观遗传学不良影响。

2 全身性自身免疫病机制研究

Genome-wide DNA methylation analysis in systemic sclerosis reveals
hypomethylation of interferon-associated genes in CD4+ and CD8+ T cells

全基因组DNA甲基化研究发现系统性硬化症患者CD4+ 和CD8+ T细胞的干扰素相关基因表现低甲基化状态

单位：上海复旦大学生科院王久存教授课题组

时间：2017-12-05

杂志：J Invest Dermatol. 

IF：6.28

具体文章解读请点击链接：JID+Clinical Epigenetics|天昊目的区域甲基化MethylTarget®检测技术再发两文

3 肿瘤biomarker研究

Targeted bisulfite sequencing identified a panel of DNA methylation-based
biomarkers for esophageal squamous cell carcinoma (ESCC)
靶向亚硫酸氢盐测序鉴定了一组基于基因DNA甲基化程度的食管鳞状细胞癌（ESCC）生物标志物

单位：上海复旦大学生科院王久存教授课题组

时间：2017-11-29

发表杂志：Clinical Epigenetics

IF=4.98

具体文章解读请点击链接：JID+Clinical Epigenetics|天昊目的区域甲基化MethylTarget®检测技术再发两文

4 缺血性脑卒中疾病研究

CDKN2B Methylation and Aortic Arch Calcification in Patients with Ischemic Stroke
缺血性脑卒中CDKN2B甲基化与主动脉弓钙化研究

单位：南京大学医学院金陵医院

时间：2017-6-1
发表杂志：J Atheroscler Thromb. 
IF=2.442

研究背景：

•      多项GWAS研究提示Chr9p21与动脉粥样硬化和动脉钙化的发生显著关联；
•      Chr9p21区域仅转录一个非编码的长链非编码RNA---ANRIL；
•      ANRIL临近2个基因，CDKN2A和CDKN2B，均参与细胞周期调控；
•      研究提示ANRIL可以募集表观调控因子引发CDKN2A/2B的DNA甲基化。

科学假设：

•      探讨CDKN2A/2B的DNA甲基化是否可能增加主动脉弓钙化的发生风险

研究方法：

•      缺血性脑卒中患者322例，其中存在主动脉弓钙化患者248例，无主动脉弓钙化患者74例。MethylTarget目的区域甲基化检测技术检测患者血液样本CDKN2A/2B启动子区CpG岛甲基化水平(共36个CpG位点)

研究结果：

• 动脉钙化患者CDKN2B甲基化水平显著高于不存在钙化的缺血性脑卒中患者

• CDKN2B甲基化水平与患者动脉钙化指标对数转换成正相关（矫正rs4977574的影响）

研究结论：

•  CDKN2B高甲基化可能提示缺血性脑卒中患者有更高的动脉弓钙化风险

5 动物领域研究

Dietary betaine supplementation in hens modulates hypothalamic expression of cholesterol metabolic genes in F1 cockerels through modification of DNA methylation

母鸡补充甜菜碱可以通过DNA甲基化修饰来调控F1代公鸡下丘脑胆固醇代谢相关基因的表达

单位：南京农业大学动物健康与食品安全国际合作联合实验室

时间：2018年3月

期刊名：Comparative Biochemistry and Physiology, Part B     

影响因子： 1.757

具体文章解读请点击链接：天昊目的区域甲基化MethylTarget^®检测技术动物领域再发新文

6 动物领域研究

Dietary betaine supplementation increases adrenal expression of steroidogenic acute regulatory protein and yolk deposition of corticosterone in laying hens

补充甜菜碱促进蛋鸡类固醇激素合成急性调节蛋白和卵黄沉积肾上腺皮质酮的表达

单位：南京农业大学动物生理生化重点实验室

时间：2017年12月

期刊名：Poultry Science       

影响因子： 1.908

具体文章解读请点击链接：天昊目的区域甲基化MethylTarget^®检测技术动物领域首发新文

作为国内唯一提供基于二代测序平台的目的区域甲基化检测项目的科研服务公司，我们感谢客户的信任和选择。在过去的一年半中，MethylTarget®技术平台已经完成项目近150个，合作的单位包括复旦大学、上海交通大学、中科院、浙江大学、南京医科大学、三军大、北京协和医院、湘雅医学院、南京农大、安徽医科大学、成都军区总医院、新疆医科大学、中南大学等等单位。相信我们的MethylTarget®技术会有更多“昊文章”，敬请期待！