大量高分文章单细胞转录组研究策略及10x 合作项目部分结果展示

发稿时间：2019-04-18来源：天昊生物

10x研究介绍

单细胞转录组分析（scRNA-seq）是一项相当年轻的技术，也是目前最热点的研究方向之一。10x Genomics单细胞转录组测序是基于油包水液滴进行单细胞分离，并针对单个细胞内的mRNA 进行扩增和高通量测序的一项新技术。单细胞表达谱的绘制能够完美地揭示细胞间基因表达的异质性，从复杂生物样本中发现稀有细胞类型。10x Genomics单细胞转录组测序适用于绝大部分细胞类型，并且被广泛应用于肿瘤免疫、肿瘤靶向治疗、肿瘤微环境、非肿瘤相关复杂疾病、发育与细胞分化及植物研究等方向。2019年以来，10x Genomics单细胞转录组测序已经发表近百篇文章，10分以上有60%之多。前沿领域，需要的是马上行动起来！看看下面的研究思路是不是能为你带来新的提示呢？

 

单细胞转录组研究策略

 

 

10x技术参数

 

 

10x项目流程

 

 

10x合作项目部分结果展示

 

测序数据及细胞质控结果

 

样本中单细胞基因数、UMI序列数及线粒体基因UMI序列比例

 

单个样本细胞聚类tSNE图

 

Marker基因CD27 tSNE图及小提琴图

 

10x应用领域

肿瘤细胞异质性

Single-cell transcriptomes from human kidneys reveal the cellular identity of renal tumors, 2018, Science.（肾细胞癌）

Single cell analysis reveals cancer stem cell heterogeneity in hepatocellular carcinoma, 2018, Hepatology.（肝细胞癌）

肿瘤药物反应/靶向治疗

Single-cell transcriptome analyses reveal endothelial cell heterogeneity in tumors and changes following anti-angiogenic treatment, 2018, Cancer Research.（抗血管生成）

Single-cell RNA-seq analysis identifies markers of resistance to targeted BRAF inhibitors in melanoma cell populations, 2018, Genome Research.（靶向抑制剂）

肿瘤免疫/免疫治疗

Acquired cancer resistance to combination immunotherapy from transcriptional loss of class I HLA, 2018, Nature Communications.（治疗进展；血液+组织）

Arg1 expression defines immunosuppressive subsets of tumor-associated macrophages, 2018, Theranostics.（anti-PD-1；组织）

非肿瘤相关疾病

Single-cell transcriptomics of the mouse kidney reveals potential cellular targets of kidney disease, 2018, Science.（肾脏疾病）

Single-cell RNA-seq reveals the transcriptional landscape and heterogeneity of aortic macrophages in murine atherosclerosis, 2018, Circulation Research.（动脉粥样硬化）

发育/分化

Single-cell RNA sequencing of microglia throughout the mouse lifespan and in the injured brain reveals complex cell-state changes, 2019, Immunity.（小神经胶质细胞）

Single-cell transcriptomic analysis of cardiac differentiation from human PSCs reveals HOPX-dependent cardiomyocyte maturation, 2018, Cell Stem Cell.（干细胞，心脏分化）

植物领域

Single-cell RNA sequencing resolves molecular relationships among individual plant cells, 2019, Plant Physiology.（拟南芥）

Spatiotemporal developmental trajectories in the arabidopsis root revealed using high-throughput single-cell RNA sequencing, 2019, Developmental Cell.（拟南芥）