终于等到你！SSRome，所有物种SSR标记开发整合数据库发布-蔡斌

发稿时间：2018-11-07来源：天昊生物

 

最近Nucleic Acids Research真是好文章不断，在刚刚推出多篇NAR数据库集锦微信文章（见文末链接）之后，今天终于又等来了SSR分子标记研究领域非常重要和急需的SSRome数据库的发布，小编今天迫不及待的再跟大家分享一下。

 

我们知道，SSR（简单重复序列，或称微卫星）做为一种非常重要的分子遗传标记，长久以来面临着涉及物种多、标记位点散乱、SSR引物信息不全等诸多问题，这就使得很多老师在用类似我们的SSRseq^TM技术，对自己群体材料进行SSR检测之前，需要查阅大量文献，或者分析多种组学数据，来寻找和挖掘后续验证的SSR标记。SSRome就是这样一个整合了所有物种SSR在线数据资源的专业SSR数据库。有了它，我们的SSR寻找与开发过程将变得更加高效便捷。

 

 

 

网址：http://mggm-lab.easyomics.org/index.php

 

SSRome作为一个基于web的、用户友好的、全面和动态的数据库，提供了多种组学数据的分析管道，目前可以用于6533种生物的SSR标记开发。在SSRome数据库中，包含从NCBI中获得的所有核基因组、线粒体和叶绿体基因组，以及表达序列标签（EST）等所有分类系统中鉴定的1.58亿个微卫星基序。开发了4510万个SSR标记，并将其分类为编码（基因）或非编码（非基因）标记，所有这些都是可以免费下载。此外，SSRome还提供了三种用户友好的工具来识别、分类和比较基因组或转录组范围内的基序。用户只需上传自己的测序数据，便可方便的进行在线交互式分析。

 

SSRome数据库包括植物、后生动物、古细菌、细菌、病毒、真菌和原生动物相关基因组SSR信息

 

 

SSRome数据库包括2018年3月之前所有NCBI已有物种EST、线粒体和叶绿体基因组SSR信息

SSRome数据分析与数据库构建

为了构建SSRome核心数据库，研究人员开发了一组“Perl和Shell”脚本，将所有分散的生物信息整合到一起，形成三条主要分析管道。这些管道用于构建基因组、转录组和细胞器子数据库。为了建立基因组和细胞器子数据库，设计了六个主要步骤：(i)在基因组规模上挖掘SSR；(ii)根据基序位置将SSR分为基因型或非基因型；(iii)进一步细分为唯一型和复合型SSR；(iv) SSR引物设计和标记开发；(v)将开发的SSR标记及其相关信息整合到SSRome数据库中；(vi)将所有生成的数据集连接到SSRome web界面中。对于转录组子数据库，除了将已识别的SSR分类为基因/非基因型之外，使用了相同的工作流程，具体如下图所示。

 

 

SSRome数据库开发的工作流程：基因组和转录组数据分析管道

 

 

SSRome数据库界面介绍

SSRome数据库提供了一个用户友好的交互式web界面，具有多种功能来开发、搜索、下载和比较所有生物体中的SSR信息。SSRome网站提供了一个顶级导航栏，旨在帮助用户以非常方便和快速的方式访问SSRome数据库和工具的不同部分。SSRome数据可以通过五个交互页面访问和检索：主页(SSRome-db快速访问)、统计、下载、搜索和SSRome比较。在这五页中，生物物种被分类分组，以便于选择和探索。通过从主导航栏下拉菜单中进行选择，用户可以浏览SSRome数据库的任何部分。

 

SSRome数据库网页简介：(A) SSRome主页；(B) SSRome搜索页，包括(1)详细搜索页面和(2)搜索结果示例；(C)信息下载页；(D)比较页和(E) SSRome工具页，包括(1) SSRome基因组管道页、(2) SSRome转录组管道页和(3) SSRome比较分析管道页。

 

 

 

在下载页面中，用户可以简单的检索每个生物体/基因组的所有可下载文件(单独或批量)，包括基因型和非基因型SSR基序、SSR统计、单独和复合的SSR信息和SSR引物等。

 

在SSRome的搜索页面中，用户可以根据自己的兴趣信息，例如重复序列、基因符号、基因座标签或引物ID等进行搜索，更可以独立搜索每个生物体基因或非基因区域内的微卫星。同时，用户可从下拉菜单中选择感兴趣的生物体和SSR重复类型(如“Tetra”)进行搜索。搜索结果显示以列表视图展示，包含每个SSR基序/标记的相关重要信息，例如引物ID、生物体名称、NCBI登录号、重复类型、重复序列、引物序列、引物退火温度、基因组内引物位置、产物长度、基因符号或基因座标签等。 .

 

 

 

往期文章链接：

 

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关于天昊：

天昊生物长期从事基因及遗传分析，可以提供包括SSR检测在内的多项基因检测服务。天昊生物自主研发的基于二代测序技术的SSR检测新方法--SSRseq^TM，这种方法几乎克服了现存所有电泳检测方法的不足，尤其适合对多SSR位点、超高深度的分型，准确度高，并且分辨率达到单碱基的水平。因此适合所有二倍体人类、动植物、真核微生物，以及多倍体物种的SSR基因型分析。欢迎联系我们具体咨询！邮箱：techsupport@zjywrdx.com 电话：400-065-6886