SSR近期研究进展速览(三)

发稿时间：2018-04-11来源：天昊生物

1、青藏高原螺旋灌木:高山绣线菊和蒙古绣线菊(蔷薇科)的多位点系统地理学和古地理重建

 

发表杂志：Mol Phylogenet Evol.   发表时间：2018-2-17     影响因子：3.96

山区生物多样性丰富的一个常见假设是隆起驱动的多样化。本文采用多位点分析方法，研究了青藏高原(QTP)隆升和区域气候波动对高山绣线菊和蒙古绣线菊两种姊妹灌木遗传多样性的影响。结合古地理重建模型，研究了不同气候事件下该物种目前和过去的预测分布。研究表明，末次冰期间冰期持续的后退和扩张脉冲，加上QTP的升高，决定了这些物种的分布。所有群体均表现出高水平的遗传多样性。基于cpDNA标记的种群内平均基因多样性，高山绣线菊为0.383±0.052，蒙古绣线菊为0.477±0.048。对高山绣线菊和蒙古绣线菊基于SSR进行的观察和期望杂合度分析分别为He ( 0.72 - 0.90 ) / Ho ( 0.35 - 0.78 )和He ( 0.77 - 0.92 ) / Ho ( 0.47 - 0.77 )。古分布重建表明，物种偏好于末次冰期高原东南缘、QTP高海拔区和间冰期高原中部。基于核SSR标记的遗传类群结构分析、主成分分析和迁移分析均不支持两种物种间基因流动的假设。然而，基于cpDNA的最大似然方法显示两种物种之间具有相同单倍型。

2、系统地理学和种群遗传学分析揭示了印度块菌复合体的形态

 

发表杂志：Fungal Genet Biol.   发表时间：2018-2-12     影响因子：3.05

印度块菌是一种外生菌根子囊菌，产生可食子囊果。根据已知确切来源的标本，对西南地区印度块菌复合体的形态进行了研究。本研究采用内部转录间隔区( ITS )和简单序列重复( SSR )标记。将系统地理学和群体遗传学分析相结合，检测了31个印度块菌的野生群体。Tuber cf. indicum和Tuber cf. himalayense是印度块菌复合体中两个明显的谱系，具有明显的系统地理学结构和遗传分化。沿江分布的单倍型特征表明，河流扩张影响了物种的扩散和现代分布格局，这些发现对于保护该地区块菌的多样性至关重要。

 

3、玉米粗缩病显性抗性位点的鉴定

 

发表杂志：Sci Rep.   发表时间：2018-2-17     影响因子：3.96

玉米粗缩病( MRDD )是世界范围内发生的一种严重的玉米病毒病，尤其是在我国夏玉米产区，严重影响了玉米的产量和品质。控制MRDD的有效方法是利用抗性基因来改善易感基因型。本研究利用来自易感品系S221和抗性品系K36之间的杂交的玉米F2群体对含有抗性和敏感F2个体的两个DNA库进行深度测序，并且使用传统的连锁分析来定位抗性相关基因组区域。结果表明，K36的MRDD抗性受单个显性位点控制，在6号染色体的68396487 bp 69523478 bp的基因组区间内发现了关联区域。两个简单序列重复( SSR )标记6F29R29和6F34R34与MRDD抗性位点紧密连锁。本研究结果有助于进一步了解玉米抗MRDD的遗传规律，为玉米抗MRDD育种提供参考。

4、百合候选转录因子基因SSR标记的探索与开发

 

发表杂志：Genes (Basel).   发表时间：2018-2-12     影响因子：3.59

百合是重要的经济园艺作物，因其花和球茎而被广泛种植。本研究对百合转录组进行了大规模的数据挖掘，以开发与转录因子相关的微卫星标记(TFSSRs)。在从相关序列数据中提取的216768个unigenes中，6966个具有简单序列重复序列(SSRs)。71个SSRs与TF基因相关，这些SSRs被用于设计引物并验证它们作为标记物的潜力。这71个SSRs由31个转录因子家族获得：包括bHLH、MYB、C2 H2、ERF、C3H、NAC、bZIP等。根据PIC值筛选出14个高度多态的SSRs，并对百合种质资源的遗传多样性和群体结构进行了研究。与东方和亚洲种群相比，Longiflorum的遗传多样性较高。通过对百合种质资源的结构分析，将百合种质资源划分为3个亚群，并根据亚洲、东方和Longiflorum亚群，采用无根邻接树对百合种质资源进行有效分离。最后，本研究发现46个SSR相关基因对葡萄孢菌感染有差异表达。因此，本研究新开发的TFSSR标记为百合的大规模基因分型、高密度和比较作图、标记辅助回交和分子多样性分析提供了有力的工具。

5、大豆2号染色体上抗疫霉根腐病新位点RpsZS18的精细定位与鉴定

 

发表杂志：Front. Plant Sci.    发表时间：2018-1-30     影响因子：4.48

大豆疫霉根腐病(PRR)是由大豆疫霉引起的一种严重的世界性大豆病害。利用携带Rps抗性基因的大豆品种是控制该病最有效的策略。在大豆品种Zaoshu18的2号染色体上检测到一个新的抗疫霉基因RpsZS18。本研究的目的是鉴定和精细地绘制RpsZS18。以Zaoshu18 (抗性)和Williams (感病)杂交产生的232个F2:3家系为作图群体。用2号染色体上的简单序列重复( SSR )标记对RpsZS18进行定位。首先，通过连锁分析鉴定了12个与RpsZS18连锁的SSR标记，包括两个新开发的SSR标记ZCSSR33和ZCSSR46，它们分别位于基因两侧0.9和0.5 cM处。其次，根据两亲本间的序列差异，建立了基于PCR的InDel标记，用于进一步将RpsZS18的定位区域缩小到71.3 kb。第三，对14个大豆全基因组重排序基因型在RpsZS18区进行了单倍型分析。在Zaoshu18中检测到6个具有独特单倍型序列的基因。最后，对这六个基因进行定量实时PCR检测，发现含有蛋白编码基因(Glyma.02g245700)、pfkB碳水化合物激酶编码基因(Glyma.02g245800 )和无功能注释基因(Glyma.02g246300)为推测的候选PRR抗性基因。本研究为大豆抗大豆根腐病品种的选育提供了有益的信息。

6、利用基因组SSR标记对鸭脚粟外来种质资源的种群结构和遗传多样性分析

 

发表杂志：Gene.    发表时间：2018-2-8     影响因子：2.18

鸭脚粟是重要的小米之一，因其营养价值高而成为粮食安全作物。谷子复杂的四倍体基因组需要大量的信息丰富的功能性DNA标记，以用于遗传育种。然而，从谷子中表达的序列标签中开发出的简单序列重复( SSR )标记较少。在本研究中，从公开获得的干旱相关EST中开发了56个新的基因SSR标记。43个多态性标记用于评价多态性，PIC值在0.41～0.79之间。结果表明，分析的基因型具有较高的遗传多样性，平均基因多样性为0.176，Shannon's指数为0.315。基因流值为0.7721，说明群体内部存在较高的基因交换。采用算术平均和相邻接树图的非加权成对分组方法产生三个主要聚类来区分基因型，PCA和PCoA分析也证实了这些结果。在分子变异分析中发现群体内遗传多样性较高(77%)。基于贝叶斯模型的聚类分析证明了来自不同地理来源的基因库之间的高度混合。基于群体的聚类分析指出了一种强有力的“距离隔离”模式。总体而言，这些结果显示出显著高水平的多态性、足够的遗传多样性和群体结构，这扩大了现代遗传资源及其在遗传学和基因组学的各种应用中的用途，包括关联作图和育种。

7、基于SSR的陆地棉纤维品质的八向杂交MAGIC种群关联图

 

发表杂志：Mol Genet Genomics.    发表时间：2018-2-1     影响因子：2.5

纤维品质在陆地棉产业中占有重要地位。纤维品质性状作为一种复杂的数量性状，在遗传水平上值得研究。为了研究纤维品质性状的遗传结构，本文利用8个亲本的960个品系组成的多亲代间杂交(MAGIC)群体进行了关联分析。从3个地点的5个环境中收集了6个主要纤维性状的可靠表型数据。表型分析表明，MAGIC株系的变异幅度和变异系数均大于父母本。从高密度遗传图谱中筛选出8个亲本共284个多态性SSR标记，对MAGIC群体进行基因型分析。MAGIC群体遗传变异丰富，连锁不平衡( LD )衰减快( 0.76 cM )，说明QTL的开发具有高效的优势。通过混合线性模型的关联作图确定了与六个纤维品质性状相关的52个显著位点；其中14个定位在报道的具有纤维相关或其他农艺性状的QTL区域。9个标记显示为控制两个以上纤维性状的多效性标记。此外，两个SSR标记BNL1231和BNL3452被鉴定为具有多性状的热点。此外，本研究还提供了候选区域，并根据LD衰变距离筛选出6个候选基因。本研究结果为进一步的遗传定位提供了有价值的QTL，有助于棉花纤维品质的分子标记育种。

 

8、马铃薯品种高效鉴定的四核苷酸核心基序SSR标记

 

发表杂志：Breed Sci.    发表时间：2017-12     影响因子：1.53

简单序列重复(SSR)是一种流行的个体指纹识别工具。长核心基序(例如四核苷酸、五核苷酸和六核苷酸)简单序列重复(SSRs)是首选的标记，因为它们使分离和区分相邻等位基因更容易。本文报道了马铃薯中8个新的四核苷酸SSRs。利用这8个标记，从日本和美国获得的76个品种中有72个被明确区分，而两对来自自然变异的品种表现出相同的特征。8个SSR标记的两个随机品种间的联合同一性概率估计为1.10×10^-8，证实了所提出的SSR标记用于马铃薯指纹图谱分析的有效性。

   

 

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