SSR近期研究进展速览(一)

发稿时间：2018-04-08来源：天昊生物

 

SSR近期研究进展速览(一)

1、利用连锁和关联作图方法分析和验证甘蔗糖相关性状关联EST-SSR标记

 

发表杂志：Genomics.     发表时间：2018-3-30      影响因子：2.95

糖相关性状在甘蔗育种中具有重要意义，本研究利用关联作图验证数量性状位点图谱方法，对糖相关性状相关的EST-SSRs进行了鉴定。利用524个EST-SSR、241个AFLP标记和10个基因组SSR标记对283个来自种间杂交的F1子代进行连锁作图检测。使用多个QTL定位鉴定了6个区域，基于混合线性模型，对200份参试材料进行了关联分析。使用靶QTL基因组区域内的关联作图验证EST-SSR标记鉴定了两个EST-SSR标记，推测与pol和糖产量相关。这些功能标记可用于甘蔗的标记辅助选择。

 

2、利用水稻育种群体进行耐旱性改良及遗传解析

 

发表杂志：Front Plant Sci.     发表时间：2018-3-15      影响因子：4.48

干旱是亚洲和非洲大部分旱区限制水稻产量的最重要因素，本研究筛选出4个BC2 F2群体，共3200个个体，在严重干旱胁迫条件下对其进行测试，结果表明，与轮回亲本Jigeng88相比，72个渐渗系的产量显著提高，利用SSR标记鉴定出13个DT主效的QTLs。在干旱和正常灌溉条件下，筛选出5个产量显著提高的水稻品种。所检测到的QTL为进一步提高产量提供了有用的遗传信息。

 

3、结合QTL-seq和连锁图谱精细定位高植株野生大豆等位基因特性

 

发表杂志：BMC Genomics.     发表时间：2018-3-27      影响因子：4.48

株高是大豆的重要农艺性状，与产量密切相关。本研究使用染色体片段替换系CSSL3228 (供体N24852 (G. Soja), 受体NN1138-2 (G. max))和NN1138-2杂交作图群体，通过QTL - seq和连锁作图来精细定位高植株野生大豆等位基因。本文通过QTL - seq在大豆13号染色体上的1.73 Mb区域中鉴定了一个株高QTL，并通过基于SSR标记的QTL定位在定位群体中得到证实。连锁分析表明，株高QTLs位于13号染色体上的SSR标记BARCSOYSSR_13_1417和BARCSOYSSR_13_1421之间，物理距离为69.3 kb。RT-PCR和可能的候选基因序列分析表明，Glyma13g219440在株高较高的基因型中表达量明显较高，且两亲本编码氨基酸存在6个差异。

 

4、花生抗斑枯病主效QTL的筛选及评估其对花生种质资源抗性变异的贡献

 

发表杂志：BMC Genet.    发表时间：2018-3-23     影响因子：2.22

斑枯病是花生的主要病害之一。本研究旨在对之前报道的主效QTL区进行细化，并对其在美国花生微核心种质资源中的贡献进行评价。利用两个与主效QTL相关的SSR标记对F5个体进行基因型鉴定，筛选出25个杂合个体，并将其发育成F6分离群体。在田间目测鉴定的基础上，共筛选出194个感病F6个体，种植F7代进行表型鉴定。用9个SSR标记对194个F6个体进行了基因型分析，QTL分析表明，15.2 Mb区域的QTL具有22.8 %的表型变异解释率。为检验美国花生小核种质资源抗性变异的QTL效应，利用两个侧翼SSR标记对107份小核种质资源进行了基因型鉴定。QTL区基因型与微核心种质抗斑枯病性无显著相关，说明该QTL区抗性等位基因对美国花生微核心种质的抗性变异无贡献，是一个独特的抗性来源。

 

5、CYP82Y1基因启动子变异对罂粟那可丁产量的影响

 

发表杂志：Sci Rep.    发表时间：2018-3-21     影响因子：4.21

那可丁是罂粟的一种生物碱。主要用于镇咳，最近发现它具有抗癌功能。在此，本研究发现了CYP82Y1基因（那可丁生物合成途径中的第一个酶促基因）启动子区域中的存在一个SSR，并进一步研究其在调节基因表达和代谢物含量方面的作用，发现基序重复数的变化(减少或增加)下调CYP82Y1基因的表达。此外，对那可丁含量的分析表明启动子区域的变化影响那可丁的含量。此外还从转录水平和代谢物水平进行了相关分析。

 

6、珍珠粟杂种优势基因库的确定

 

发表杂志：Front Plant Sci.    发表时间：2018-3-2     影响因子：4.48

珍珠粟是世界上种植最广泛的谷子之一。杂交制种是珍珠粟的主要育种目标之一。对343个杂交亲本（保持系(B-)和恢复系(R-)）进行了遗传分型，共获得88个多态性SSR标记。SSRs共产生532个等位基因，平均每个位点6.05个等位基因，平均基因多样性为0.55，平均PIC为0.50。532个等位基因中，443个( 83.27 % )由B系贡献，平均每个位点贡献5.03个等位基因。R系共贡献476个等位基因( 89.47 % )，平均贡献5.41个，而B系和R系共有441个等位基因( 82.89 % )。R系的基因多样性( 0.55 )高于B系( 0.49 )。在杂交试验中，共评价了99个杂种(通过杂交代表性的9个B-和11个R -系产生)以及对照。鉴定出7组代表杂交产生的F1对籽粒产量配合力高于其余组合，这些群可能代表珍珠粟中杂种优势基因库。

 

 

7、早花法7年内培育第5代抗火疫病苹果新品系

 

发表杂志：Planta.    发表时间：2018-3-14     影响因子：3.06

在野生苹果基因库中经常发现一些好的的性状，如对病原体的抗性。然而，苹果幼苗的幼期较长，阻碍了这些性状在新品种中的快速引进。本研究提出的方法可用于将野生苹果性状引入无分离系中所需的时间减少四分之一。所采用的快速作物周期育种方法是基于白桦MADS4转录因子在苹果中的过度表达。以早花系T1190和‘Evereste’为材料，在7年时间内，在温室内成功地建立了18个第5代的优良品种。利用SSR标记，估计了连锁群12 ( LG12 )上仍与Fb_E相关的‘Evereste’的遗传阻力百分比，并鉴定出了抗赤霉病基因Rvi6和抗赤霉病QTL Fb_F7的基因型。

 

8、毛白杨天然2n配子遗传组成及亲本传递杂合度的SSR分析

 

发表杂志：Planta.    发表时间：2018-3-14     影响因子：3.06

本研究首次报道了毛白杨天然2n雌配子及其亲本杂合度的传递，为多倍体育种提供了新的途径。天然2n花粉广泛存在于毛白杨中，在多倍体育种中起着重要作用。然而，在授粉受精过程中2n花粉的竞争力低于单倍体花粉，因此2n花粉受精单倍体雌配子产生多倍体的效率较低。理论上，2n雌配子经单倍体花粉受精后也可获得多倍体。因此，毛白杨中是否存在天然2n雌配子成为一个问题，这可以通过研究天然2n配子的遗传组成得以解释。利用SSR标记对杂交组合"X-2 × Z-5" 87个三倍体的起源进行了鉴定，发现21 %的天然2n配子来自雌性亲本。利用4个低重组率的SSR位点鉴定天然2n配子的遗传组成。结果表明，2n雌配子的遗传组成以SDR为主，2n雄配子的遗传组成以FDR为主。利用42个SSR引物，分析了FDR和SDR型亲本之间存在显著差异的天然2n配子对亲本杂合度的传递。本研究结果为2n配子的理论研究及其在多倍体育种新策略中的应用奠定了基础。

 

 

9、基于表型和SSR的中国西部和北部两个重要披碱草属物种间和内部遗传变异估计

 

发表杂志：Genes    发表时间：2018-3-7     影响因子：3.59

披碱草和老芒麦是披碱草属的两种重要多年生牧草，广泛分布于我国西部和北部的高海拔地区，特别是青藏高原。关于表型和遗传多样性的信息是有限的，但对于披碱草种质的收集、保存和利用是必要的。本研究利用15个表型性状和40个表达序列标签衍生的简单序列重复标记( EST-SSRs)对两个种73份材料的表型和遗传分化进行了评价。结果表明，在15个数量性状的基础上，两个披碱草品种间表型分化率仅为7.23 %。主成分分析表明，叶片性状、穗部性状和部分种子性状是表型变异的主导因子。40个EST - SSR引物共扩增出396条多态性带( 97.8 % )和331条多态性带( 87.1 % )，表明这两个物种具有较高的遗传多样性。青藏高原东北部种群遗传多样性最高。基于分子数据的聚类分析表明，披碱草属植物的大多数材料都趋向于聚集在一起。主坐标分析( PCoA )和结构分析描述了类似的结果。分子方差分析( AMOVA )表明，两种植物在地理群体中的变异率分别为81.47 %和89.32 %。Pearson相关分析表明，Nei的遗传多样性与年平均气温呈强正相关。这些结果可为披碱草种质资源的收集、保存和育种提供参考。

 

10、小麦减数分裂期水分胁迫下高穗粒数主要染色体区的鉴定与验证

 

发表杂志：PLoS One.    发表时间：2018-3-8     影响因子：4.27

粒数是旱地小麦产量的主要性状。以W7984和春小麦品种Opata M85为材料，利用国际小麦科制图倡议(ITMI)的105个重组自交系(RIL)作图群体，在减数分裂过程中正常浇水和水分胁迫两种处理条件下，鉴定了与穗粒数相关的数量性状QTL。在减数分裂过程中，当植物暴露于水分胁迫时，在5A染色体长臂上检测到主茎穗粒数的两个主效QTL，其表型变异分别为25.71 %和24.93 %。以W7984×Lang和W7984×Westonia两个杂交组合为材料，对减数分裂过程中水分胁迫下的QTL进行了鉴定。与5AL染色体QTL连锁的SSR标记在两个F2:4分离群体中得到验证。这些紧密连锁的SSR标记可潜在地用于标记辅助选择，以减少减数分裂期间水分胁迫频繁发生的区域的产量损失。

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