【科研小助手】SSR信息不够全，两款小工具帮您添！

发稿时间：2018-03-06来源：天昊生物

小勤：听说你们天昊生物的SSRseq^TM专利技术在进行SSR基因分型时，既准确又高效，不仅可以“比大小”，还能“看序列”，我也准备试一试。

昊昊：好啊，在正式检测之前，我们需要对您的目标SSR进行前期评估。您需要提供一下SSR区域及引物序列，以及重复单元组成、数目、产物片段大小等信息就好。

小勤：啊？！我接手师兄的课题，他走的时候只给我丢下了一堆SSR和引物序列，我要自己整理这些信息，可得数到哪一天才算是个头啊！~~

昊昊：这个你问我啊，我给您推荐两款在线小工具，让这些工作分分钟搞定。

一、SSRIT - Simple Sequence Repeat Identification Tool

网址: http://archive.gramene.org/db/markers/ssrtool

首页简介：

1、设置参数：

a) 选择期望找到的最长重复单元长度（maximum motif-length）。

b) 将FASTA格式的目标SSR序列粘贴到文本框中，点击“FIND SSRs”，你想要的SSR相关信息即可获得。

SSRIT在线工具说明清楚，操作及结果呈现简单明了，初学者极易上手。该工具就是有一个小缺点—网页刷新有些慢，需要有些耐心哦。

二、Imperfect SSR Finder

网址: https://ssr.nwisrl.ars.usda.gov/

首页简介：

Imperfect SSR Finder在线工具分为两页呈现，第一页同样是对寻找的SSR信息的参数设置，该工具不仅可以寻找标准的SSR重复单元信息，而且可以根据用户设置寻找一些不标准的SSR重复单元信息，具体设置方法分别在“Perfect SSR Minimums”和“Imperfect SSR Minimums”两个板块进行。

当根据网页说明设置好参数后，即可点击屏幕左下角的“Go to Step2”按钮。

之后，同样的将FASTA格式的SSR序列粘贴到文本框中，点击“Process!”即可提交信息。