【科研小助手】SSR分析利器之：POPGENE

发稿时间：2018-02-09来源：天昊生物

一、软件简介：

POPGENE软件是由Francis Yeh、Rongcai Yang和Timothy Boyle共同开发的用于分析群体间及群体内遗传变异的一款免费软件。该软件主要基于Windows操作系统，使初学者更容易进行群体遗传学分析，完成科学可靠的数据统计。目前最新的POPGENE版本为1.32，专为使用单倍体和二倍体数据分析共显性和显性标记而设计的。POPGENE可以进行常用的遗传统计（例如，等位基因频率、基因多样性、遗传距离、G-statistics、F-statistics）和复杂的遗传统计（例如，基因流，中性检验，连锁不平衡，多位点结构分析等）。软件数据处理限制： 1400个群体，150个组，1000个位点和一个位点最多52个等位基因型数据。

软件网址：https://sites.ualberta.ca/~fyeh/popgene.html

二、软件界面及指令介绍：

 

  

 

Co-Dominant Marker：共显性标记，即同时能检测出显性和隐性等位基因，能够区分纯合和杂合基因型的遗传标记。

Dominant Marker：只能按有无扩增条带进行分析，并且无法区分杂合基因型的遗传标记。

Co-Dominant Marker Data：调用co-dominant 标记数据进行群体遗传分析。

Dominant Marker Data：调用dominant 标记数据进行群体遗传分析。

Quantitative Trait Data：调用数量性状数据进行群体遗传分析 。

  

 

1、窗口菜单Haploid Data可以分析内容包括：

Gene Frequency：利用原始数据评估每个位点的基因频率。

Allele Number：等位基因的数量统计。

Effective Allele Number：纯合性评估。

Polymorphic Loci：具有多态性位点占所有位点百分比。

Gene Diversity：Nei’s基因多样性评估。

Shannon Index：Shannon信息指数，基因多样性程度的评估指标。

Homogeneity Test：构建双向列联表并对群体基因频率进行卡方和似然比检验。

F-Statistics：对Nei’s的G_ST等进行评估。

Gene Flow：通过G_ST或者F_ST对基因流进行评估。

Genetic Distance：判断 Nei’s及无偏遗传特性和遗传距离。

Dendrogram：用 UPGMA 绘制基于 Nei’s 遗传距离的树形图。

Neutrality Test：进行Ewens-Watterson中性检验。

Two-locus LD：判断位点和卡方检验的配子不平衡。

Brown：计算观察到的和预期的K值，以及群体随机选择到杂合位点的数目。

Smouse：最常出现的等位基因为1，其他等位基因为0。用于估计群体内平均位点间相关性。

2、窗口菜单Diploid Data可以分析内容包括：

Genotypic Frequency: 根据原始数据估计co-dominant markers在每个位点基因型观察频率。

HW Test：在随机杂交的情况下，计算预期的基因型频率，并且对每个位点进行Hardy-Weinberg平衡的卡方检验和似然比检验，仅限于共显性标记。

Fixation Index：利用F_IS作为杂合子缺失或过量的评估标准。

Obs. Homozygosity：判断给定位点观察到纯合子的比例。

Exp. Homozygosity：判断随机杂交的情况下预期纯合子的比例。

三、数据格式（以Diploid Data为例）

 

 

 

四、结果展示：

文件基本信息：

 

等位基因频率信息：

 

位点统计结果：

 

 

关于天昊：

天昊生物拥有多种SSR检测平台及SSRseq^TM等专利技术，可以根据客户项目需求，提供不同数量样本和位点的高性价比微卫星检测服务。