残忍！ 你的编程还没入门，人家又推出了TCGA癌症数据库敲好用的挖掘工具！

发稿时间：2017-10-27来源：天昊生物

 

今天小编介绍的在线工具叫UALCAN，文章今年8月见刊。

 

先来看看UALCAN的自我介绍，

网址：http://ualcan.path.uab.edu/index.html

UALCAN是用于分析癌症转录组数据的界面友好型在线工具。UALCAN旨在：

a）轻松获取公开的癌症转录组数据（TCGA转录组测序数据），

b）允许用户用TCGA数据挖掘生物标志物或对感兴趣的潜在基因进行数据库验证，

c）提供达到文章发表级别的基因表达和基于基因表达的患者生存分析图，

d）评估乳腺和前列腺癌分子亚型中的基因表达，

e）链接HPRD，GeneCards，Pubmed，TargetScan和人蛋白质图谱等数据库，快速提供关于所选基因的附加信息。

接下来我们来个教学

一、 如何挖掘一个癌种的癌和癌旁差异表达基因？

Step1：点击主页右上角Analysis进入页面

 

Step2：左侧选中感兴趣的癌种

 

Step3：此时可以看到差异表达最显著的25个基因

 

Step4：点击热图左侧的基因，可以具体看到每个基因的数据。

 

Step5：获得表达箱图，点击visualize survival plots可以看到生存曲线。

 

 

二、如何挖掘感兴趣的基因？

Step1：在pastegenesymbol里输入1个或多个基因；在TCGAdataset里面选择需要研究的癌种。

 

Step2：可以看到每个基因的分析结果和更多信息扩展。

 

Step3：以EZH2基因为例，点击获得的表达量图和生存曲线，注意可以进行更细致的分析

 

比如按case对人群分类

 

 

三、在主页选择geneclasses，可以对某些癌症特定的基因集进行分析，后续的操作和前面差别不大，大家自己尝试一下吧！