天昊CNVplex®应用于临床先天性心脏病的分子遗传学诊断

发稿时间：2017-03-03来源：天昊诊断

DNA序列的拷贝数变异是导致人类复杂性疾病的一个重要原因，染色体22q11.2是一个突变热点区域，此区域的缺失会导致DiGeorge综合征和颚-心-面综合征（顾名思义，临床症状主要涉及面部和心脏），该综合征的大多数为散发性病例，少数呈现常染色体显性遗传，发生率为1/（2000-4000）活婴，缺失大小约为3Mb。先天性的心脏病是我国第一大出生缺陷疾病，每年约有13万新生儿被诊断罹患此症，而染色体22q11.2区域发生了拷贝数变异的患者，90%以上伴有先天性的心脏病（congenital heart disease，CHD）。长期研究证明，大多数患有先心病的患者都被诊断出了22q11.2区域拷贝数异常，CNVplex®作为一个染色体拷贝数检测的经济快速有效的方法，十分适用于临床先心病的分子遗传学诊断。2015年上海儿童医学中心实验室就在BMC Genomics发表了一篇运用天昊CNVplex®检测先心病病人中22q11.2区域拷贝数情况的文章，并与芯片（CMA）结果以及MLPA（Multiplex Ligation-dependent Probe Amplification）检测结果进行了比较。

基于天昊众多专利技术（Accucopy®，CNVplex®，iMLDR®，SNPscan®...）以及二代测序及相关技术，天昊诊断已持续研发多种临床筛查和诊断的产品，从孕前、产前到新生儿覆盖整个生育过程前后，包括孕前夫妇遗传病携带筛查，染色体非整倍体检测，男性不育相关基因检测，新无创TM产前胎儿唐氏综合征筛查，遗传性耳聋90项检测，新生儿遗传病筛查，以及高发单项遗传病检测项目（如地贫，假肥大型肌营养不良，成骨不全，脆性X综合征等），天昊诊断一直致力于创新基因检测科技，实现科研向临床的逐步转化，以更好的降低出生缺陷，为守护人类健康献出绵薄之力。

下面小编带大家回顾这篇研究，了解CNVplex®在其中的表现。

A modified multiplex ligation-dependent probe amplification method for the detection of 22q11.2 copy number variations in patients with congenital heart disease.

一种修饰后的MLPA方法用于检测先天性心脏病人中22q11.2的拷贝数变异情况

BMC Genomics

4.04

2015

上海交大医学院，儿童医学中心医学实验室

CNVplex®

1.CNVplex®的表现：

首先研究者对110个CMA和MLPA已检测得知结果的样本，通过CNVplex®检测结果对比后验证了其有效性；其中9个样本（Table 3）被检测到22q11拷贝数变异，其余101样本拷贝数正常。与CMA、MLPA法结果相比，体现了100%的特异性与灵敏度。同时，研究者用10个正常样本及6个22q11变异样本的峰图面积的CV值（变异系数值，Coefficient of Variability）评估此方法信号的一致性（所有探针CV值均低于10%）。

2.CNVplex®在大量先心病样本中拷贝数检测中的应用
研究者将此方法应用于818个收集于上海儿童医学中心的先天性心脏病病患样本，检测其22q11.2染色体区域的拷贝数情况，发现所有的存在的染色体异常情况全部被检测到，与先前芯片法与MLPA法检测到的结果符合率为100%。其中包括39例22q11.2缺失与1例22q11.2重复。除此之外，此方法还检测到非明确致病意义的小突变（VUS）20例，以及含非22q11.2区域的其他亚染色体缺失重复突变样本5例。下图为此方法检测到22q11.2区域突变样本总结（Figure 2）：图中表示位于染色体22q的8个特异性低拷贝重复序列（LCR A-H）,其中39个样本中，大部分(34/39, 87%)为横跨LCRA-D的典型性的约2.57Mb的缺失，3个(3/39,8%)为LCRA-B的约1.34Mb的缺失，2个(2/39,5%)为LCRA-C的约2Mb的区域。1个此区域的重复变异位于LCRE-H。根据CNVplex®的高密度探针可以看出，所有的缺失突变都可以找到相同的断裂点USP18，DGCR6，RTN4R，ZNF74，MED15和PI4KA（基因名）。同时CNVplex®还鉴定出两种VUS，包括9个样本在DGCR6/PRODH标记处，11个样本在TOP3B基因标记处出现拷贝数异常。除此之外，还检测出5例非22q11.2区域的其他亚染色体缺失重复突变样本，其中3个在4号染色体，1个在8号染色体以及1个在22q13处出现缺失或重复。

3.阳性结果的验证试验
尽管人类染色体拷贝数的变异是一项大家都非常感兴趣的研究方向，但在国际分子诊断领域还没有研究此类变异的可称之为金标准的方法；在这篇文章中被CNVplex®鉴定的拷贝数异常的阳性样本，接下来通过MLPA, CMA, 或 real-time PCR进行了验证（Figure 3）。所有阳性样本均运用MLPA验证。CMA用于验证除22之外其他染色体上的变异，real-time PCR用于验证那些太小的，MLPA无法进行验证的变异。图4（Figure 4）展示了定量PCR验证的20例（P1-P20）微小拷贝数变异样本检测结果，其中C1-C3为正常拷贝对照样本。至于其他5例非22q区域拷贝数变异的样本结果，均通过CMA和MLPA方法验证，但是由于MLPA的探针分布较少，出现了部分遗漏现象。

4.临床评估
818例CHD患者的临床和诊断信息总结如表1；拷贝数变异种类频率与心脏缺陷有明显的差异。据统计，与不伴圆锥动脉干畸形的患者（1/203,0.5%）相比，22q11.2微缺失更容易出现在伴圆锥动脉干畸形的患者中（38/6156.2%)。

实验证明CNVplex®是一种有效可靠的，特异性检测CNV的方法，适用于临床已知致病性明确CNV的筛查。相对于其他方法来说，这种方法的探针容量更高，使得它可以在任意区域设置可变探针，分辨率更高，且花费比较低；除此之外，CNVplex®的多重探针使得它不仅可对常见变异进行预测，还能准确检测到更多典型的或者非典型的拷贝数变化。与MLPA相比可提供更多的信息，我们相信若将此方法运用于更多个体身上，将获得更多有益的信息以帮助研究先天性心脏病与CNV的深层关系。

天昊诊断自创立之初坚持以技术创新作为公司发展核心动力，基于目前国际流行的基因检测平台开发了多项永利集团304am官方入口，其中包括AccuCopy®多重基因拷贝数检测技术，CNVplex®高通量基因拷贝数检测技术，iMLDR®多重SNP及突变分析技术，SNPscan®高通量SNP及突变分析技术，EasyTarget®多重基因片段快速富集技术， SNPseq®超高通量SNP及突变分析技术，CNVseq®超高通量基因拷贝数检测技术等具有国际水平的专利技术，希望通过自主研发的永利集团304am官方入口促进国内基础医学遗传研究以及人类各种疑难疾病的致病机理的探索，同时利用这些技术开发适合临床应用的各类基因检测产品，服务于我国人民大众的健康事业，同时还致力于科研相关试剂的研制与开发工作。因此，公司始终将"创新基因科技，守护人类健康"作为公司长期发展的核心理念。

304am永利集团_永利集团304am官方入口

新闻媒体

天昊CNVplex®应用于临床先天性心脏病的分子遗传学诊断

发稿时间：2017-03-03来源：天昊诊断

相关链接

核心产品

联系方式