恭喜天昊客户中国栎类植物质体基因组研究见刊《Genomics》

发稿时间：2021-06-30来源：天昊生物

英文题目：Phylogenetic relationships in Chinese oaks (Fagaceae, Quercus): Evidence from plastid genome using low-coverage whole genome sequencing

中文题目：中国栎类(壳斗科，栎属)的系统发育关系：利用低覆盖度全基因组测序的质体基因组证据

期刊名：Genomics

发表时间：2021年5月

影响因子：6.209

栎属植物作为一个物种丰富、分布广泛、寿命长，特别是伴随着广泛的杂交和渐渗的谱系树木，具有重要的经济和生态价值，在进化研究中也备受关注。
随着研究的深入，人们已经发现栎属的系统发育估计是有问题的和具有挑战性的：基于质体和低拷贝核基因标记的系统发育存在相互冲突，并且分辨率(特别是树基部附近的关系)较低。这可能在很大程度上与系统发育信号不足有关。因此，有必要通过基因组数据来提供更多的系统发育信号，进而更加准确评估栎属的系统发育。植物系统发育中最广泛使用的基因组数据是质体基因组，这是因为质体基因组具有明显的优势，例如适中的基因组大小、一般保守的结构和简单的进化模式。即使在困难的系统发育中，质体数据的大部分应用已经呈现出了完全解析和强支持的关系。
在这项研究中，作者整合了总共54个完整的质体基因组测序结果，代表了以前公认的中国栎属所有四个节（section），在多个数据集的基础上估计了中国栎属的系统发育，探讨了这些栎属的进化史。
本研究利用低覆盖度全基因组测序，首次报道了36种栎属植物完整质体基因组，并对质体基因组大小、GC含量及基因差异等进行了分析，利用滑窗分析检测到7个具有较高核苷酸多样性的区域（图1）。

之后利用完整的质体序列、蛋白质编码外显子和密码子位置不同的数据集，通过最大似然（ML）和贝叶斯推理（BI）方法构建了6个进化树。根据不同的方法获得的拓扑几乎一致。中国栎属之间的系统发育关系较好得以构建，并在大多数节点得到了很强的支持度(图2)。

图2、基于质体基因组蛋白质编码外显子的最大似然（ML）和贝叶斯推理（BI）构建的中国栎属系统发育树。

最后，根据大于150的有效样本量来估计了中国栎属的分歧时间。其中值得一提的是，台湾种与中国大陆种的分歧时间大约在16.03Ma（图3）。

该论文西北大学杨颜慈博士为第一作者，赵贵仿教授为通讯作者，研究得到了国家自然科学基金的资助。

天昊生物具有丰富的人类及动植物线粒体、叶绿体细胞器基因组检测项目经验，为客户高效发表SCI文章提供技术保障，我们期待成为您细胞器基因组测序检测的优质服务合作伙伴，欢迎联系我们具体咨询！

线粒体叶绿体基因组测序相关文章：

【昊文章】天昊客户叶绿体、线粒体基因组随机测序文章发不停；天昊客户新文：利用线粒体基因组测序研究弄蝶科进化；

天昊客户新文：利用线粒体基因组测序分析蜉蝣昆虫新的基因重排模式；

SSR分型+线粒体测序，助力动物研究登陆顶级分子进化杂志；
Journal of Experimental Botany | 叶绿体和线粒体基因组为陆生植物进化提供了新见解；
细胞器基因组数据库总汇；
人参叶绿体基因组测序及其SNP标记研究登陆4分杂志；
叶绿体基因组研究连登Int J Mol Sci杂志（IF = 4.183）；
白桦叶绿体基因组测序及其基因组织方式、RNA编辑、系统发育比较分析；
叶绿体测序+DNA条形码，4.3分文章在招手！；
叶绿体基因组测序及其在系统发育和物种鉴定中的应用进展；

电话：18964693703（微信同号）

邮箱：techsupport@zjywrdx.com

创新基因科技，成就科学梦想